Puisque la certification bio est déjà réglementée par le gouvernement provincial, la filière bio redoute le coût d'une double certification ou encore d'une certification à deux paliers. Les organismes de certification obtiendront l'agrément fédéral sur recommandation d'un organisme d'accréditation reconnue, tel le Conseil des appellations agroalimentaires du Québec par exemple
En 2003, selon Statistique Canada, le Québec comptait 31 % des 232 entreprises canadiennes qui transforment la biomasse agricole, forestière, marine ou alimentaire en divers nouveaux produits non alimentaires comme l'éthanol, des fibres végétales ou des bouteilles.